IBM在实施IPD难度同样较大，因为IPD不仅是研发的事情，而与公司所有职能部门相关。一开始，公司在实施IPD时相关人员很兴奋，因为一个大公司就象小公司一样运作，每个人感觉就象在运作自己的小公司。但是实施的展开与之相关困难就呈现出来了。
IPD的第一个难点也是最难之处是跨职能部门团队的建立和运行
n 第二个难点之处是项目管理和管道管理。
项目管理是使跨部门团队集合起来更好地行动的关键。通过项目管理，一个产品从概念形成到上市期间会涉及到许多不同的紧密相联的活动，就像不同职能部门彼此之间是有关系的。同样在一个项目中他们彼此之间的活动也是有关联的，所有的活动加起来就是整个的产品开发。
在项目管理中对每个活动进行预算和资源的调配，在项目实施过程中还需要不断地与开发计划对照，因为没有任何一个计划是完善的，所以可以在细的层面上对计划进行一定的调整，但是PDT做出的承诺不能改变。整个项目的进行过程都需要PDT的参与，因此PDT在产品开发全流程中自始至终存在。
管道管理指根据公司的业务策略对开发项目及其所需资源进行优先排序及动态平衡的过程。概念阶段和计划阶段是管道管理中比较重要的两个阶段，概念阶段需要发现好思想，然后把好思想引入到漏斗中，把坏想法砍掉。漏斗的前两个阶段通过筛选，选项最佳项目进入管道，以便节省资源。
第三个难点是结构化的流程，结构化的流程可以使每一个人明白相互依赖的方式协同工作。结构化流程中最重要的是在流程的不同阶段清晰定义决策评审点；这些决策评审点不仅仅是技术评审，而是技术与业务评审两者综合，需要PDT与IPMT的领导力与决策能力；其重点关注产品的市场定位及盈利情况。
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